共聚焦顯微鏡比寬場顯微鏡具有更多的優(yōu)勢，共聚焦顯微鏡可以對樣品做連續(xù)光學切片并排除非焦平面的信號干擾，為此共聚焦顯微鏡的應用也的確更為普遍。不過市面上各種各樣的共聚焦顯微鏡越來越多，要如何進行選擇呢？在選擇共聚焦顯微鏡時，基本也重要的考慮因素主要有兩點：您想要研究的樣本類型（如：固定的細胞還是活細胞），以及您想要進行的檢測類型（如：靜態(tài)還是動態(tài)細胞過程）。

　　一、固定細胞的共聚焦成像

　　要對固定且染色了的細胞或組織成像，我們一般選擇激光掃描共聚焦（LSCM）。這主要是因為固定的死細胞缺乏活細胞中的快速生物學事件，能更好的受益于LSCM較高的空間分辨率。LSCM成像是通過激光對樣品進行光學層切，掃描速度（取決于掃描陣鏡速度）一般為1fps。曝光時間越長意味著光漂白的風險越大，但對于固定的死細胞，時間并不是很關鍵，我們可以通過拍多張圖片來平均。

　　二、活細胞的共聚焦成像

　　成像活細胞需要額外的保護，以免不友好環(huán)境的干擾。在成像時，我們首先需要考慮的是保持細胞的活性和健康，恒溫加熱元件和灌流系統(tǒng)是的，尤其對于進行time-lapse（時間序列）的研究來說。控制活細胞生理狀態(tài)的快速生化事件是大多數(shù)人想要研究的，但這些事件對于傳統(tǒng)LSCM來說太快了。此外，LSCM的長時間曝光還會引發(fā)毒性光照損傷細胞。因此，對活細胞進行成像會需要特殊的共聚焦顯微鏡。